- Muuramessa on 5 luonnonsuojelulailla rauhoitettua luonnonsuojelualuetta: Partastenmäen vanha metsä, Kustaanvuoren vanha metsä, Härköpohjan jalavalehto, Lullinvuori ja Kuusimäen alue, joka koostuu useasta osa-alueesta. Lisäksi Muuramessa on 5 luonnonmuistomerkkiä, kaikki isoja puita tai puuryhmiä.
Luonnonsuojelun kannalta tärkeiden alueiden Natura-verkostossa kohteita on Muuramessa 5 kpl. Useat Naturakohteet ovat myös luonnonsuojelualueita. Yhteensä Muuramen Natura-kohteilla on pinta-alaa 611 hehtaaria. Määrä on 4,2 % kunnan maapinta-alasta ja 3,2 % kokonaispinta-alasta. Osuus maapinta-alasta on yksi Keski-Suomen suurimpia.
Natura-kohteet Muuramessa:
- Lullinvuori-Kustaanvuori-Härköpohja (osittain Korpilahden puolella)
- Muuratharju-Innanlahden lehto (alueeseen kuuluu muun muassa Suuruspään niitty)
- Kuusimäki-Tikkamäki-Kirkkokangas-Valkeavuori
- Härkösuo-Hongistonkorpi (pääosin Jyväskylän puolella)
- Partastenmäet
Natura- ja luonnonsuojelualueet Muuramen karttapalvelussa.
